Riccardo Vicedomini et la bioinformatique

Quel est votre domaine de recherche ?

Riccardo Vicedomini : Je travaille dans le domaine de la bioinformatique, plus précisément sur la conception de méthodes algorithmiques et logicielles pour l'analyse de séquences biologiques. Mon principal intérêt est l'assemblage métagénomique, qui consiste à identifier et reconstruire les séquences génomiques des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique. Ce problème est très complexe au niveau algorithmique et il est souvent abordé au niveau de l'espèce.

Mon objectif est d'aller plus loin en développant des méthodes, par exemple basées sur des graphes, capables d'identifier et de distinguer avec précision plusieurs souches d'une même espèce dont les génomes sont très similaires. C'est important, par exemple, pour comprendre les caractéristiques qui pourraient rendre une souche pathogène ou pour comprendre la diversité génétique au sein d'une population de la même espèce.

Qu’avez-vous fait avant d’entrer au CNRS ? Pourquoi avoir choisi le CNRS ?

R.V. : J'ai étudié l'informatique à l'Université d'Udine en Italie. J'ai d'abord travaillé sur des méthodes algorithmiques pour reconstruire la séquence génomique d'un organisme et pour l'alignement de séquences. En novembre 2015, j’ai commencé un post-doctorat sur un sujet différent de ma thèse, en développant des méthodes pour l’analyse de séquences de protéines et leur caractérisation fonctionnelle au Laboratoire Biologie Computationnelle et Quantitative (LCQB - CNRS/Sorbonne Université) à Paris.

Ensuite, en février 2020, j'ai effectué un post-doctorat à l'Institut Pasteur, au sein de l'équipe Sequence Bioinformatics, où j'ai commencé à travailler sur ce qui est devenu mon domaine de recherche au CNRS. Ce qui m'a incité à choisir le CNRS, c'est de pouvoir travailler avec un certain degré de liberté sur les sujets de recherche qui m'intéressent et de gérer mon activité de façon très autonome.

Qu’est-ce qui vous a amené à faire de l’informatique et/ou des sciences du numérique ?

R.V. : Je suis convaincu que la passion pour la technologie et la programmation, que mon père m'a transmise, a été le point de départ de mon intérêt pour l'informatique. Cependant, c'est au lycée que j'ai véritablement compris que c'était le domaine que je voulais approfondir, grâce à des enseignants qui ont suscité ma curiosité. Ensuite, la qualité de l'enseignement universitaire m'a incité à approfondir ma formation dans le domaine de l'algorithmique.

En revanche, la bioinformatique est apparue un peu par hasard. Ce qui m'a poussé à poursuivre des recherches dans ce domaine est la présence de problèmes concrets qui sont à la fois intéressants au niveau algorithmique et dont la résolution pourrait avoir un impact sur notre quotidien.